Пример совместного использования MyPaint и inkscape. Правда, это можно сделать только в inkscape, но так не интересно, к тому же может быть иногда удобнее совмещать. Собственно, благодоря слоям, сохранён контур. Открываем его в инкскейпе (растр), далее контур - векторизировать растр. Немного на глаз крутим значения и получаем тот же контур, только в векторе, далее на панели заливка, немного крутим порог и увеличить/уменьшить для полного аккуратного заполнения каждой области, после всего выносим контур на передний план и применяем градиенты или цвета (раскрашиваем).
Получаем похожий, но уже векторный рисунок:
Для большего совпадения с оригиналом можно и дальше разукрашивать или дорисовывать, это как пример.